Tra la fine degli anni 90 e l’inizio degli anni 2000 furono consolidate alcune iniziative, come l’attività delle sorelle strutturata grazie alla riunione mensile e la formazione di una corale della chiesa, che fu un ausilio di edificazione durante molte riunioni speciali.
Anche in questi anni la chiesa non smise di evangelizzare. La volontà di fondare nuove testimonianze evangeliche nei paesi vicini, spinse la comunità a iniziare una missione a Castelletto Ticino, attraverso cui diverse persone si avvicinarono alla fede e alcune lo testimoniarono pubblicamente attraverso il battesimo in acqua, e una missione a Borgomanero, che si stabilizzò fino a diventare nel 2007 una chiesa evangelica autonoma a conduzione del fratello Marco Pisculli, uno dei diversi giovani che nati spiritualmente o cresciuti nella chiesa di Arona sono ora impegnati nel servizio al Signore in altre chiese o missioni.